所谓商标转让中重复申请问题，是指商标注册申请人如果将一件相同或近似的商标在同一个类别中办理两次或两次以上的申请，而将后一次的商标注册申请转让他人，即使这件商标具有非常好的创意并且可以注册成功，该商标注册申请的受让人也不可能得到这件商标。这是因为《商标法》明确规定“两个或两个以上的商标注册申请人，在同一种商品或类似商品上，以相同或者近似的商标申请注册的，初步审定并公告申请在先的商标”。在转让商标注册申请时，商标转让的受让人要防止这类风险的产生，避免不必要的损失。
一、重复申请商标的一并转让问题
1995年7月，孙郦馨与王飞成立榆林羊老大服装有限公司并申请注册了羊老大文字商标。2000年8月，两人又以转让羊老大文字商标为条件，在北京融资成立了北京羊老大服装有限公司，并约定先以榆林羊老大服装有限公司的名义申请注册羊老大图形商标、文字及图形商标，待北京羊老大服装有限公司注册成立后，再将上述3件商标一并转让给后者。2002年，北京羊老大服装有限公司成为羊老大系列商标的唯一合法所有人。
其间，王飞利用同时担任两家羊老大公司法定代表人的身份，在两公司之间签订协议：北京羊老大服装有限公司愿将本公司注册商标羊老大无偿转让给榆林羊老大服装有限公司。但是，协议签订后，双方并没有办理商标转让手续。
随后，王飞向陕西省榆林市中级人民法院提起诉讼。一审法院判决羊老大文字商标归榆林羊老大服装有限公司，图形商标、文字及图形商标归北京羊老大服装有限公司。双方均提起上诉，陕西省高级人民法院则判决羊老大系列商标全部归榆林羊老大服装有限公司。
就此案而言，当事人的商标存在重复申请问题，且符合《商标法》规定的在同一种商品或类似商品上，以相同或者近似的商标申请注册的情况。陕西高院判决羊老大系列商标全部归榆林羊老大服装有限公司是符合《商标法》基本原则的。
有关人士认为，这个原则的前提是当事人自愿转让商标，而不是强制行为。一并转让原则基于当事人的意思表示一致，如果当事人不同意一并转让，法院不能强制判决，否则就违背了商标转让基于当事人意思自治的基本原则。该人士认为，二审法院先把一件商标判给榆林羊老大服装有限公司，再利用一并转让原则把其他商标也判给榆林羊老大服装有限公司，违背了《商标法》规定的自愿转让商标的原则。
事实上，这个观点有点牵强。《商标法实施条例》第二十五条第二款规定，转让注册商标的，商标注册人对其在同一种或者类似商品上注册的相同或者近似的商标，应当一并转让；未一并转让的，由商标局通知其限期改正；期满不改正的，视为放弃转让该注册商标的申请，商标局应当书面通知当事人。据此规定，司法审查权的界定不存在违背《商标法》基本原则的问题。因此，在转让商标注册申请时，受让人要及时提出一并转让的请求，以避免不必要的纠纷。
二、易误认商标分别转让问题
《商标法实施条例》第二十五条第三款规定，对可能产生误认、混淆或者其他不良影响的转让注册商标申请，商标局不予核准，书面通知申请人并说明理由。
注册商标转让是商标权人行使其处分权的一种方式。但是，注册商标经过长期使用，可能已为相关公众所熟知，消费者可能将使用同一注册商标的商品联系起来。在注册商标转让时，如果商标注册人对其在同一种或类似商品上注册的相同或者近似的商标没有一并转让，就可能使得消费者无法辨别和区分商品的来源，容易引起混淆和误认。为了保护消费者的利益，避免混淆和误认，法律作出了此项规定。
某县联美化妆品有限公司在化妆品上申请注册了雅倩商标和ARCHE商标，这两件商标在注册申请审查中被认定不近似，因此，按照《商标法实施条例》第二十五条规定，在转让注册时可以不一并办理。但实际上，由于商标注册人通过电视广告及其他媒介宣传，已使广大消费者将雅倩商标和ARCHE商标联系在一起，甚至视为同一商标的不同组成部分。因此，如果商标注册人想要把其中一件注册商标转让给他人，则必须将另一件一并办理，否则将造成消费者的误认。
三、不构成近似商标分别转让问题
1988年7月13日，自然人曹成功向商标局申请注册乐神商标，次年该商标获准注册，核定使用商品为果汁、汽水。1992年7月，在未经曹成功同意的情况下，乐神商标被第三人转让给河南桐柏乐神集团公司，随后该公司对乐神商标进行续展。1998年6月，桐柏乐神集团公司申请注册乐神康商标，次年该商标获准注册，核定使用商品为无酒精饮料、果汁。2003年9月，桐柏乐神集团公司将乐神商标、乐神康商标转让给桐柏乐神康保健饮品有限公司。2004年8月，桐柏乐神康保健饮品有限公司将乐神商标、乐神康商标分别转让给上海金丝猴食品有限公司和桐柏金神保健饮品有限公司。此后，这两家公司又将两件商标转让给其他公司。
曹成功向河南省南阳市中级人民法院提起诉讼，请求确认上述转让乐神商标、乐神康商标的行为无效，并将上述商标一并返还。
南阳市中院认为，乐神与乐神康商标并不构成近似，且乐神康商标系桐柏乐神集团公司独自申请注册的，曹成功请求确认二者属近似商标及乐神康商标专用权应一并返还的理由不能成立，请求确认乐神康商标重复转让行为无效的理由也缺乏相应的事实依据。
不过，南阳市中院和后来负责二审的河南省高级人民法院均认为，原告曹成功请求确认乐神商标重复转让行为无效的理由成立。河南省高院最终判决桐柏乐神集团公司将乐神注册商标返还曹成功，桐柏乐神集团公司不再享有该商标的专用权，但乐神康商标的注册及转让行为有效。
人民法院判断商标近似按照以下原则进行：（1）以相关公众的一般注意力为标准；（2）既要对商标的整体进行比对，又要对商标主要部分进行比对，比对应当在隔离状态下进行；（3）应当考虑请求保护注册商标的显著性和知名度。
对商标是否近似问题的判断，应当以普通消费者的一般注意力作为主观判断标准。对于使用在相同或者类似商品上的两件商标，如果普通消费者施以一般注意力，难以区分其差别，就可以推断这两件商标具有造成误认的可能性。根据《商标法》的规定，商标使用人是否有意模仿注册商标，不是人民法院判断商标是否构成近似及是否侵犯商标专用权的唯一标准。
在上述案件中，乐神商标为文字商标，而乐神康商标则是由文字和图形构成的组合商标。两件商标在文字构成、呼叫、图案和整体视觉效果上区别明显，普通消费者施以一般注意力，就可以看出两者之间的差别，不容易对两者的商品来源产生误认。所以，南阳市中院和河南省高院的审理结果是恰当的。
因此，对于注册商标的转让，要在行政审查和司法审查有明确界定结果的情况下，才可以进行。
四、重复申请商标转让的法律盲区
《商标法》第二十三条规定，注册商标需要变更注册人的名义、地址或者其他注册事项的，应当提出变更申请。变更注册人名义实际上包含了转让。现实中，一些公司的负责人在公司成立前就开始申请注册商标。等到公司成立后，这些人就着手把商标注册申请转让至公司名下。这时，他们需要注意非注册商标的一并转让问题。
《商标法实施条例》第二十五条第二款的规定只涉及注册商标的一并转让问题，但对于转让人尚有其他正在申请的商标与转让的商标构成使用于类似商品上的相同或近似商标的该如何办理的问题，法律则没有相关规定。这是法律形式规定上的一个盲区，受让人要重视这个问题，并及时向出让人提出一并转让的请求。如果受让人不提出一并转让的请求，就会发生在相同或类似商品上的相同或近似的商标有两个权利人的情况。这不仅在日后容易产生纠纷，而且违背《商标法》的立法宗旨。实践中，商标局在处理类似事件时，要求转让人对申请中的相同或近似商标一并转让。这说明商标局也认为，如果不要求转让人对申请中的相同或近似商标一并转让，将可能出现上面提到的纠纷。